Peptit sentezi, peptitlerin (amino asitlerinin zincir halinde birbirine bağlanmış yapıları) laboratuvar ortamında sentezlenmesi işlemidir. Bu süreçte, amino asitlerin peptit bağlarıyla birbirine bağlanarak peptit zincirini oluşturması sağlanır. Peptit sentezi genellikle solid-phase peptide synthesis (SPPS) yani katı faz peptit sentezi yöntemiyle yapılır. Bu yöntemde, amino asitlerin tek tek eklenmesi ve sırasıyla bağlanması sağlanır. Bu işlemdeki önemli adımlar, coupling (bağlanma) ve deprotection (koruma gruplarının çıkarılması) süreçleridir. Şimdi, bu adımları ve süreci daha ayrıntılı olarak açıklayalım.
1. Peptit Sentezi Genel Süreci
Peptit sentezinde, amino asitler sırayla bağlanarak peptit zincirini oluşturur. Bu süreçte iki ana aşama vardır:
- Amino asitlerin bağlanması (coupling).
- Koruma gruplarının çıkarılması (deprotection).
2. Coupling (Bağlanma) Süreci:
Coupling, bir amino asidi diğerine bağlamak için kullanılan kimyasal bir reaksiyondur. Bu işlemde, bir amino asidin karboksil grubu (–COOH) ve bir diğer amino asidin amino grubu (–NH2) arasında peptit bağı oluşur.
-
Coupling Aşaması: İlk olarak, peptit sentezine başlamak için genellikle N-terminal (başlangıçtaki amino asidin) bir koruma grubu ile korunur ve bu amino asit bir katı faz (solid phase) destek yüzeyine bağlanır.
- Sonra, bir sonraki amino asit eklenir. Bu ekleme için, ikinci amino asidin karboksil grubu koruma altına alınır ve aktifleşmiş form kullanılır. Bu aktifleşme, genellikle karbodiimidler (örneğin, DCC) veya özellikle EDC (1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide) gibi reaktiflerle yapılır.
- Bu reaktifler, amino asidin karboksil grubunu aktif hale getirir ve bu da iki amino asidin bağlanmasını kolaylaştırır.
- Bağlanma reaksiyonu sonucunda, iki amino asit arasında peptit bağı oluşur ve bir peptit zinciri uzamış olur.
-
Bağlantı ve Yan Reaksiyonlar:
- Peptit sentezi sırasında yan reaksiyonlar oluşabilir. Bunlar, örneğin, artan su, yanlış bağlantılar veya aşırı reaktif kullanımından kaynaklanabilir. Bu nedenle, bağlanma reaksiyonlarının verimliliği ve saflığı önemli bir konudur.
3. Deprotection (Koruma Gruplarının Çıkarılması): Koruma gruplarının çıkarılması, peptit sentezinin bir diğer önemli aşamasıdır. Peptit sentezinde, amino asitlerin reaktif grupları (özellikle amino grupları) çoğunlukla kimyasal olarak korunur. Bu koruma grupları, sentez sırasında yan reaksiyonları önler ve istenilen kimyasal reaktiviteyi sağlar.
-
Koruma Gruplarının Görevi:
- Amino koruma grupları (örneğin, Fmoc (9-fluorenylmethyloxycarbonyl) veya Boc (tert-bütiloksikarbonil)) amino asitlerin amino gruplarını korur ve yalnızca doğru aşamada reaksiyona girmelerini sağlar.
- Karbonil koruma grupları genellikle nadiren kullanılır ve çoğunlukla Fmoc veya Boc grupları, amino gruplarının koruma işleminde yaygın olarak tercih edilir.
-
Koruma Grubunun Çıkarılması:
- Fmoc koruma grubu çıkarılması: Fmoc grubu genellikle bazik koşullarda çıkarılır (örneğin, piperidin gibi bazlarla).
- Boc koruma grubu çıkarılması: Boc grubu ise asidik koşullarda (örneğin, TFA (trifluoroasetik asit) ile) çıkarılır.
- Deprotection, koruma grubunun belirli bir aşamada çıkarılmasıyla yapılır. Bu adımda, korunmuş olan amino grup, bağlanma reaksiyonları için tekrar erişilebilir hale gelir.
4. Sürecin Devamı ve Sonlandırma:
- Zincirin Uzatılması: Her yeni amino asit eklenmesiyle peptit zinciri uzar. Bu işlem, gerekli peptit uzunluğu elde edilene kadar devam eder.
- Sonlandırma ve Temizleme: Peptit sentezi tamamlandıktan sonra, peptit zincirinin sonlandırılması gerekir. Sonlandırma, son amino asidin bağlanmasını ve sentezlenen peptit zincirinin çözülmesini içerir.
- Peptit Temizleme: Sentezlenen peptit, genellikle HPLC (yüksek performanslı sıvı kromatografisi) gibi tekniklerle saflaştırılır.
Özetle:
- Coupling süreci, amino asitlerin birbirine bağlanması ve peptit zincirinin oluşturulmasını sağlar. Reaktifler ve aktive edici maddeler, amino asitlerin doğru bir şekilde bağlanmasına yardımcı olur.
- Deprotection süreci, koruma gruplarının çıkarılması ve amino asitlerin reaktif hale getirilmesi aşamasıdır. Bu adım, her amino asidin bağlanmaya hazır hale gelmesini sağlar.
Bu iki süreç, peptit sentezinin temel yapı taşlarıdır ve her adımda dikkatli kontrol edilmesi gereken kimyasal reaksiyonlar içerir.
Hiç yorum yok:
Yorum Gönder