DNA tagmentation, bir DNA hazırlama yöntemi olup, özellikle next-generation sequencing (NGS) teknolojilerinde kütüphane hazırlama sürecinin önemli bir parçasıdır. "Tagmentation" terimi, "tagging" (etiketleme) ve "fragmentation" (parçalama) kelimelerinin birleşiminden türetilmiştir.
DNA Tagmentation Süreci
Bu yöntem, Tn5 transpozaz enzimi kullanılarak DNA’nın rastgele parçalanmasını ve aynı anda özel adaptör dizilerinin eklenmesini sağlar. Böylece, geleneksel sonikasyon (ultrason dalgaları ile parçalama) veya enzimatik kesme gibi yöntemlere kıyasla daha hızlı ve verimli bir kütüphane hazırlama süreci elde edilir.
Tagmentation’ın Avantajları
- Hızlı: Geleneksel yöntemlerden daha kısa sürede DNA kütüphanesi oluşturur.
- Düşük DNA ihtiyacı: Az miktarda DNA ile çalışılabilir.
- Adaptör ekleme kolaylığı: DNA parçaları aynı anda adaptörlerle işaretlendiğinden ek adımlar gerektirmez.
- Daha az bias (yanlılık): Rastgele parçalanma sağladığı için belirli bölgelerin fazla veya az temsil edilmesi gibi problemleri minimize eder.
Bu yöntem, özellikle Illumina gibi NGS platformlarında yaygın olarak kullanılır ve ATAC-Seq, RNA-Seq, 16S metagenomik analizleri gibi uygulamalarda sıkça tercih edilir.
Hiç yorum yok:
Yorum Gönder