A comment to: f1000research.com

A comment to:

Good job,

This is what I was looking for and what I suggested to Royal Society in response to a BBC documentary, Science under attack!

Below is my few cents;

CC BY 3.0 may be insufficient to protect the writers, CC BY-SA 3.0 may be more appropriate. As for raw data itself attribution should be mandatory a lot of work goes in converting real life data to a table, no modification (no derivatives) may be allowed.

This new system of scientific publication would allow fast and free expression. Prevent cherry picking and undeserved copyright to publishing groups.

As for the submission process:

It should prevent, forgery, allowing transparency, public and peer review/rating and evaluating of submitted materials for key components such as ethics, authenticity of authors, conflicts of interest, etc. validity of methods and findings.

Authenticity of authors & reviewers.

The review should consist of multiple steps. Each completed step can appear next to article.

* Real name and identity of submitter(s) should be verified √ by some system. This is hard I know! But this is one of the steps forgery occurs or may occur. If identity is not verified. a (?) may appear near identity box. Identity may be peer reviewed too: I personally know this researcher. √

* A consent about accuracy of data and writings, conflicts of interest should be signed by submitter.

* Real name and identity of reviewers (s) should be verified √ too.

* Reviewers should somehow be categorized: No publication/not a scientist, certified in his/her country but no publication, first name publication on same topic, other name publication on same topic, expert on topic, publication on other topics.

* Reviewers should examine the material for key presented aspects. Upon finalization a √ check-box should show finalization of exam. A rating of 1-5 or 1-10 should be used for each aspect. Unexamined aspects should remain unchecked.

* Does the reviewer have any conflict of interest (+ or -) with author.
* Is the reviewer an expert on topic?
* Does the data appear authentic?
* Does data contain scientifically new information?
* Does data contain contradictory information to current knowledge?
* Is the method valid?
* Is the method ethical?
* Are the calculations valid?
* Are the findings valid?
* Are drawed conclusions valid?
* Is material presented easy to understand?
* Do writings show good command of language?
* Do you recommend reading to peers?
* Do you recommend reading to public?
* Overall evaluation: Pass/Fail (1-5 fail) (6-10 pass)

The review process should also allow communication by notes in sides of document as in popular word processing apps and google docs.

The versioning throughout review should be visible as in Wikipedia articles. Major and minor versions can be marked too.

Raw data should be stored on author's web site, publisher's site and distributed by torrent. This would prevent punishing of publisher for bandwidth usage by distributing large data and safeguard availability of data.

Authors should have the choice to withdraw (reason), revise, remain published with approval by peers, published despite disapproval by peers, published controversial (approvals and disapproval's), unreviewed, unfinished reviews.

A Wikipedia type of categorization and tagging may be more than appropriate for this site. Where tags can be added when appropriate and removed. With no predefined set of tags allowing dynamic creation of categories for new hormones, new species and more...

I have more to say but tired for now...

Congrats and hope you success...

Reply of f1000resarch.com

@Nevit – there are some great suggestions here, thank you. With the licensing of the article, our default will be CC-BY. There may be specific instances where this is not always appropriate, but I think it is important that we encourage the use of CC-BY where at all possible. Data is obviously more tricky and as you say, although CC0 doesn’t require attribution, the cultural norms of citing work that you are building upon still need to stand. By enabling the data to stand as its own article (but potentially closely linked to a related analysis/conclusions article), it enables the specific individuals who created the data to be fully credited as named authors, as they may well be different individuals to those who analyse the work.

You make some good suggestions about the peer reviewing. There will be invited referees (just as with standard publications now) and so we will be clear who they are, but anyone else who wishes to comment will need to first register with us so we know their identity. Of course a system like Orcid will help greatly with this issue (both for authors and referees). Authors will then be encouraged to improve their article and all versions clearly marked and stored. I will be asking some more questions about peer review in the coming weeks on this site so will welcome your thoughts.

In terms of the data, as I mention to Janne above, we want to avoid storing it ourselves, and we also don’t want to link to data stored on an author’s site as these pages are notoriously unrealiable in terms of still being there in several years time. Our plan is that the data will be stored in the appropriate repository if there is one e.g. GenBank, PDB, etc or if there is nowhere appropriate for that specific data type, in somewhere like Dryad, FigShare, etc

Rebecca Lawrence


BBC: Science under attack

I watched the BBC documentary science under attack presented by Sir Paul Nurse president of Royal Soc. This letter this is a letter to President as a feedback to documentary.

Regarding the position of press it is not surprising to me at all:

It is a case of: Private $ Power and New Media: The Case of the Corporate Suppression and Cherry picking of NEWS.

Just think who will lose if fossil fuel consumption decrease and it would not be hard to find the suspect.

Regarding GM food.

People are angry in many countries of laws passed by support of seed producer companies and respective lobbies. In Turkey selling of Turkish seed are prohibited. Only imported ones are allowed to sell. Many are angry just because sold seeds are sterile. They do not represent life, since they can not reproduce. These seeds cause extinguishing of life extinguish of local plant species.

Many are angry of capitalism: laws and rules support big & fat corporations, leaving large masses in poverty. Even in democracies people are no longer in charge. Banks, gov., media, large corporations.

Although you defended the peer review process it must be radically reviewed. It has many flaws.

I wrote an article about radiology when I was a resident in Radiology. It was published on Turkish J. of Radiology as an editorial without my name on the editorial. Another writing of me was published in same Journal unsigned. I was unable to protest since those who where going to exam me was those who did the wrong doing. I witnessed many cases of forgery and ghostwriting in Turkish journals. Many with forged publications became professors and peer reviewers. The practice is widespread in many countries. With current review system and balance of forces prevention seems unlikely. People of power own many major positions.

Articles submitted to European & American J.'s from other countries are cherry picked, delayed or instantly reproduced by scientists in those countries. Reports suspecting claimed efficiency of mammography was consistently unpublished when they came from other countries, while studies sponsored by film producing companies, drug companies, and device producing companies in western countries got full publication in medical journals.

Publishers get undeserved copyright for content they had no role in production. They neither pay scientists nor reviewers. Publishers have no role in sponsoring the research. They just use copyright to restrict access to knowledge for an excessively length of time.

So a new system of scientific publication is needed to allow fast and free expression, prevent, forgery, cherry picking and undeserved copyright, while allowing transparency, public and peer review/rating and evaluating of submitted materials for key components such as ethics, authenticity of authors, conflicts of interest, etc. validity of methods and findings.

Nevit Dilmen,
Istanbul Turkey
Unemployed M.D.


Fatih Sultan Mehmet tabâbetle ilgili vasiyetnamesi

Ben ki İstanbul Fatihi abd-i aciz Fatih Sultan Mehmet bizzatihi alun terimle kazanmış olduğum akçelerimle satun aldığım İstanbul’un Taşlık mevkünde kâin ve malûmu’l-hudut olan 136 bap dükkanımı aşağıdaki şartlar muvacehesinde vakfı sahih eylerim. Şöyle ki:

Bu gayri menkulâtımdan elde olunacak nemalarla İstanbul’un her sokağına ikişer kişi tayin eyledim.Bunlar ki ellerindeki bir kap içerisinde kireç tozu ve kömür külü olduğu halde günün belirli saatlerinde bu sokakları gezerler. Bu sokaklara tükürenlerin tükrükleri üzerine bu tozu dökerler ki yevmiye 20′şer akçe alsınlar.

Ayrıca 10 cerrah, 10 Tabip ve 3 de yara sarıcı tayin ve nasp eyledim.

Bunlar ki ayın belli günlerinde İstanbul’a çıkalar bilâistisna her kapuyu vuralar ve o evde hasta olup olmadığını soralar; var ise şifası yada mümkün ise şifayab olalar. Değilse kendilerinden hiç bir karşılık beklemeksizin Darülacezeye kaldırılarak orada salâh bulduralar.

Maazallah herhangi bir gıda maddesi buhranı da vâki olabilir. Böyle bir hal karşısında bırakmış olduğum 100 silâh ehli erbaba verile. Bunlar ki hayvanat-i vahşiyenin yumurtada veya yavruda olmadığı sıralarda balkanlara çıkıp avlanalar ki zinhar hastalarımızı gıdasız bırakmayalar.

Ayrıca külliyemde bina ve inşe eylediğim imarethanede şehit ve şühedânın harimleri ve Medine-i İstanbul fukarası yemek yiyeler. Ancak yemek yemeye veya almaya bizzâtihi kendûleri gelmeyûp yemekleri güneşin loş bir karanlığında ve kimse görmeden kapalı kaplar içerisinde evlerine götürüle.

Sonuç: Doktorları politik yatırım olarak kullanmak yeni değil.



-Kadın hastalığı ile memur maaşı arasındaki benzerlik nedir? (Her ikisi de ayda bir gelip 3-4 günde biter)
-Doğum kontrol hapının koruyuculuğuna inanmayan kadına ne denir? (Anne)
-Kadınlarda en tehlikeli yaş hangisidir? (Gözyaşı)
-Zürafa hangi-hastalığa yakalanırsa çok acı çeker? (Farenjit)
-Nezle olan doktor ne yapar? (Aksırır)
-Ağrıların en güzeli hangisidir? (İlk göz ağrısı)
-Türkiye'de acil hastalara ameliyattan önce ne verilir? (Gün verilir)
-Dünyanın en küçük bebeği hangisidir? (Gözbebeği)
-Yeni doğmuş bir çocuk avucuna bakıp kıs kıs gülüyormuş, neden? (Avucunda doğum kontrol hapı varmış)
-Gözleri bozuk biri doktorun verdiği gözlüğü taktıktan sonra da gazeteleri okuyamamış, neden? (Okuma-yazma bilmediğinden)
-Dünyada en keyifli ölüm hangisidir? (Rol icabı)
-Yumurta kime dokunur? (Yumurtaya dokunana)
-Mikroskop ile kadın arasındaki benzerlik nedir? (Her ikisi de ufak şeyleri büyütürler)
-İki şizofren yanyana gelince ne yaparlar? (Dört kol pişti oynarlar)
-Kimlerin öksürüğü tehlikelidir? (Gardrop'ta saklananların)
-Kocası çok sigara içen bir kadının bir süre sonra ses telleri bozulduysa bu neyi belirtir? (Kocasının külleri yere döktüğünü)
-Kimin nabız atışını anlamak zordur? (Ahtapotun)
-En çok neşter kullanan paşa kimdir? (Cerrahpaşa)
-Ameliyatta niçin maske takılır? (Tanınmamak için)



Ey Büyük Hippokrat!

Varlığımızın en mukaddes temeli olan hastamızın ebedi bekçisiyiz. Bu karar değişmez irademizin ilk ve son ifadesidir.

İstikbalde hiç bir mikroorganizma bizi yolumuzdan döndüremeyecektir. Bizler, bütün hızımızı senden, mecburi hizmetteki korkumuzdan ve bize tahsis edecekleri topal eşekten (bulabilirsen) alıyoruz. Senin kurduğun kıymetli temeller üzerinde attıgımız her adım saglam, yazdıgımız her reçete (!) doğrudur.

En kıymetli emanetimiz olan hastamızı mevcudiyetimizin esası olarak, güçlü reçetelerin, iyi antibiyotiklerin ve biz zeki doktorların elinde ilelebet ve nesillerden nesillere olmasa da 90'ına merdiven dayayabilecek kadar yaşayacaktır. Hastamıza kastedecek mikroplar, en modern ß-laktamaza mücehhez olarak en kuvvetli spor ve kapsülleriyle karşımıza çıksalar dahi, doktorluk şuurumuzun ve yenilmez doktorluk gücümüzün zerresini bile sarsamayacaklar (Galiba).

Çünkü, bu aziz hastanın vücudunda yetişen güçlü B ve T Ienfositler ve reçetemizdeki ilaçların çabası buna yetecektir. Hastanın ve çevresinin selameti için her mikroba kırmızı antibiyotiği göstererek vücuttan ihraç etmek görevimiz olacaktır.

Ey Doktorların Atası! Hastamızı ve çevresindekileri korumak mecburiyeti hasıl olunca, içinde bulunduğumuz ocak nerede ve ne şartlarda olursa olsun kudret ve cesaretimizle (l) reçetemizdeki asil antibiyotikleri kullanarak bütün mikropları hallede................................

İlgili makama STOP Gönderdiğiniz 238. pratisyen de dayanamayıp "Kayalık Cilo Dağları Humması" ndan aynen STOP En kısa zamanda yeni, taze taze, çıtır çıtır bir pratisyen bekliyoruz STOP Çiçeğinin bumunda olması Şart değil STOP... Pnömosistis Kerkere Karinini (PKK)... STOP.

1991 ITF Yıllığından




Ey Pratisyen Doktor!

Birinci vazifen hastanı ve çevresindekileri ilelebet muhafaza ve müdafaa etmektir.

Hippokrat Andı'ndan ve 6 senelik tıp eğitiminden öğrendiğin yegane şey budur. Bu temel senin en kıymetli hazinendir. İstikbal'de dahi seni bu hazineden mahrum etmek isteyecek dahili ve harici mikroorganizmaların olacaktır. Birgün hastanı müdafaa mecburiyetine düşersen reçete yazmak için, içinde bulunacağın sağlık ocağının imkan ve şeraitini düşünmeyeceksin. Bu imkan ve şerait çok namüsait bir mahiyette özellikle mecburi hizmette tezahür edebilir. Hastana kasteden mikroplar bütün dünyada emsali görülmemiş bir epideminin mümessili olabilirler. Hematojen veya fekal-oral yolla aziz hastanın bütün lenf nodları şişirilmiş, dalağına girilmiş, bütün makrofajları dağıtılmış ve lenforetiküler sistemin her köşesi bilfiil işgal edilmiş olabilir. Bütün bu şeraitten daha elim ve daha vahim olmak üzere hastanın çevresindeki insanlar gaflet ve dalalet ve hatta hıyanet içinde hastaya yanlış ilaç tavsiye etmiş olabilirler. Hatta bu insanlar şahsi kullanılmış ilaçlarını bile hediye edebilirler. Ve hasta fakr-ü zaruret içinde supozituvarları ağızdan almış olabilir.

Ey Pratisyen Doktor! İşte bu ahval ve şerait içinde dahi vazifen hastanı ve çevresindekileri kurtarmaktır. Muhtaç Olduğun kudret yazacağın aziz reçete’de saklıdır... (NOT: Tabii yazabilirsen!)

1991 ITF Yıllığından

Elbet cevapsız kalmaz cevabı burada.