Breast cancer etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster
Breast cancer etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster

2016-05-06

List of genes involved in Breast Cancer

Meme kanseri ile ilgili bilinen bazı genler
  1. TP53
  2. PIK3CA
  3. MYC
  4. CCND1
  5. PTEN
  6. ERBB2
  7. ZNF703/FGFR1
  8. GATA3
  9. RB1
  10. MAP3K1
  11. MAP2K4
  12. ZNF217
  13. CDH1
  14. MLL3
  15. ARID1B
  16. CDKN2A
  17. MLLT4
  18. AKT1
  19. FBXW7
  20. ARID1A
  21. CCND3
  22. CBFB
  23. MDM2
  24. CCNE1
  25. CDKN2B
  26. NCOR1
  27. SF3B1
  28. SPEN
  29. TBX3
  30. IGF1R
  31. BRCA2
  32. NF1
  33. PIK3R1
  34. EGFR
  35. KRAS
  36. ESR1
  37. FOXA1
  38. MED23
  39. CDK6
  40. NOTCH2
  41. AKT2
  42. BRCA1
  43. CTCF
  44. KDM6A
  45. SETD2
  46. CREBBP
  47. DNMT3A
  48. FOXP1
  49. MLL2
  50. RUNX1
  51. USP9X
  52. XBP1
  53. PDGFRA
  54. ATR
  55. ERBB3
  56. FGFR2
  57. PALB2
  58. RHOA
  59. SMAD4
  60. ATM
  61. ATRX
  62. AXIN1
  63. BCOR
  64. CDKN1B
  65. CUX1
  66. GNAS
  67. MLH1
  68. NOTCH1
  69. PHF6
  70. SMARCA4
  71. STAG2
  72. ZFP36L1
  73. APC
  74. CASP8
  75. CBLB
  76. CNOT3
  77. ECT2L
  78. MEN1
  79. MSH2
  80. NRAS
  81. PBRM1
  82. PMS2
  83. STK11
  84. TET2
  85. ASXL1
  86. BRAF
  87. BUB1B
  88. CIC
  89. ERCC4
  90. HRAS
  91. NF2
  92. PRDM1
  93. PREX2

Ref: doi:10.1038/nature17676 

2016-03-24

Tone mapping in ultrasound

Tone mapping applied to tubular carcinoma of breast ultrasound images resulted in better visualization of tumor.

2015-09-12

Training Smart Computers for Cancer Diagnosis

IBM has started to tutor Watson for medical image diagnosis tasks. I am trying to teach Google Images for a similar purpose :). Google images is learning slowly, if any at all. I had an ultrasound image in some of the results, even though the image was not a breast ultrasound.





2015-07-28

Testing to see if Google Images can identify a case of Breast Cancer Ultrasound!

Testing to see if Google Images computer vision on images.google.com can correctly identify a case of Breast Cancer on ultrasound and match it with some similar image on its own database! It is now 2015 and I was just testing the concept. I got some NASA images, a rainy day, a couple of museum paintings etc. But no breast cancer, no ultrasound. Google Failed.





I entered breast cancer ultrasound images key words to inform the algorithm of content of the image.

Remind me to test again in a couple of months or a couple of years.

2015-02-28

Mamografi taraması ve Kanada çalışmasının düşündürdükleri


Kanada’da 25 yıllık tarama programında 40-59 yaşında kadınlara yapılan yıllık mamografi taramasının yaşam süresini artırmadığı bildirilmiştir.  Kısaca tarama yapılan grup ile yapılmayan grup arasında yaşam süreleri açısından anlamlı bir fark saptanmadı. Link




Kanada çalışması 15 merkezde 90000 kadının 5 yıl süre ile taramasını içermiştir. Çalışmada tarama grubunda 666 meme kanseri saptanmış olup, kontrol grubunda ise 524 meme kanseri saptanmıştır. Ölüm oranlarına gelince mamografi grubunda 180 kadın meme kanserinden hayatını kaybetmiş olup, kontrol grubunda ise bu sayı 171 olarak bildirilmiştir.

15 yıllık takip süresinin bitiminde mamografi grubunda 3250 kadında meme kanseri saptanmış olup, kontrol grubunda meme kanseri gelişen kadın sayısı 3133 olarak bildirilmiştir. Mamografi grubunda meme kanserinden ölüm sayısı 500 olarak bildirilmişken kontrol grubunda bu sayı 505 olarak bildirilmiştir.

5 senelik tarama periyodunun sonunda mamografi grubunda fazladan 142  meme kanseri saptanmış olup, 15 yıllk takip periyodunun sonunda mamografi grubunda fazladan 117 meme kanseri saptanmıştır. Yazarlara göre mamografi grubunda fazladan görünen bu vakalar bize yalancı pozitifliği göstermektedir.

Söz konusu çalışma Amerikan Radyoloji Derneği ve Amerika Meme Görüntüleme Derneği'nden hızlı bir yanıt aldı. Her iki kuruluş mamografide saptanan meme kanseri sayısını oldukça düşük bulup bunu Kanada tarama çalışmasında kullanılan kötü kaliteli mamografi cihazlarına ve diğer faktörlere bağlamışlardır. Ayrıca dernekler çalışmada araştırmacıların mamografiden önce meme muayenesi yapmasının randomizasyon sürecini engellediğini bildirmiştir.

Çelişkili olan Kanadalı grubun mamografinin aşırı tanı konulmasına yol açtığını söylerken Amerikalı grup aksine bu çalışmada yeterli sayıda meme kanseri tanısı konulmadığından bahsetmektedir.



Amerikan Kanser Derneği’nden Richard Bender, Kanada çalışmasında randomizasyon işleminin düzgün yapılmamasının bazı hastaların dışlanmasına yol açtığını belirtmiştir.

Çalışmaya eşlik eden editoryal yazısında son yıllarda gözlenen mortalite düşüşünde gelişen tedavi yöntemlerinin daha etkin olduğunu belirtilmiştir. Farklı çalışmalar da farklı oranlar bildirilmesine karşın aşırı tanının hala bir problem oluşturduğundan bahsetmiştir.

Kanada çalışmasında bilinmesi gereken noktalardan biri karsinoma insitu ların analizlere kanser olarak dahil edilmediğidir.

Kalager ve arkadaşları tarama mamografilerin rasyonalitesi konusunda yeniden bir değerlendirmeye ihtiyaç olduğunu belirtmiştir.




ACR ve SBI yanıtlarında Kanada çalışmasını gerçekleştiren Miller’in hatalı veya yanıltıcı olduğunu söylemişlerdir.

Miller, mamografi kalitesini düşüklüğü iddiasına yanıt olarak çalışmaya katılan tüm merkezlerde çalışmanın yapıldığı seneye göre modern sayılan cihazlar kullanıldığını belirtmiştir. Çalışmaya katılan tüm personelin ise Kuzey Amerika'daki standartlara eşdeğer şekilde eğitildiğini ifade etmiştir.

Çalışmadaki randomizasyon eleştirisine gelince, randomizasyon sürecinin uluslararası tanınırlığı olan 2 epidemiyolog tarafından, bilinen standartlara uygun olarak yapıldığını bildirmiştir.

Geçici olan ilk analiz, çalışmadan 2 sene sonra yapılmış olup, uzun vadeli analiz ise yeterli sayıda ve istatistiksel olarak anlamlı sonuçlar elde edecek kadar büyük sayıda olduğu bildirilmiştir.

Miller ACR ve SBI’nin finansal olarak karmaşık yapılar olduğunu, bu kuruluşların görüşlerini değerlendirirken bu konunun dikkate alınması gerektiğini bildirmiştir.

ACS ve USPSTF yeniden toplanarak Miller çalışmasının sonuçlarını değerlendirecektir.

Bu çalışmanın yarattığı tartışmalar yanıtlanması gereken yeni sorular doğurdu.

Guideline veya rehber kitapçıklar yeniden sorgulanmalı mı?

Normalde rehberler bağımsız kişi ve kuruluşlar tarafından, özgür bir tartışma ortamı sağlanarak, güncel verilerin artıları ve eksileri değerlendirildikten sonra hazırlanmalıdır. Malesef başkalarına temel oluşturan bir bildirge hazırlamak kolay bir iş değildir. Çoğu zaman bu rehberler uzmanların çalıştığı meslek kuruluşları, mesleki dernekler tarafından hazırlanmaktadır.

Rehberlere uymak zorunlu mu?

Hekimler için rehberlere uymak bir zorunluluk olmasa bile yaygın kabul gören rehberler meslektaşlar arasında bir tür standart olarak kabul edilir. Guideline dışına çıkanlardan mesleki diyaloglarda bu kararlarını gerekçelendirmeleri beklenebilir. Yasal süreçlerde guideline dışında hareket etmek sıkıntılı sonuçlara yol açabilir. Sigortalar gibi ödeme sağlayıcı kuruluşlar, rehberlere uyularak yapılan harcamaları daha kolay ödemektedir.

Yayınlar ve rehberler arasında çelişki yaşandığına ne yapmalı?

Aslında eğitimini bitiren her hekim, bağımsız düşünebilen, kendi kararlarından sorumlu bir bireydir. Primum non-nocere, önce zarar verme prensibi ile hareket etmelidir. Tercihan derneği ve vicdanı arasında sıkışmamalıdır. Çoğu zaman rehberler ve kanıt arasında uyum sözkonusudur. Özellikle tartışmalı olan, bilginin hızlı değiştiği alanlarda derneklerin pozisyonu hastaların iyiliği doğrultusunda olmalıdır. Class of Recommendation önerinin gücü, Level of Evidence kanıt gücü ile orantılı olmalı. Dernekler hekimleri kanıta dayalı hekimlik ile rehbere dayalı hekimlik ikileminde bırakmamalıdır.

Kanıt derecesi ne demektir?

  • Ia - Randomize, kontrol grubu olan çalışmaların meta-analizi
  • Ib - En az bir Randomize, kontrol grubu olan çalışma desteği
  • IIa - En az bir randomize olmayan, iyi dizayn edilmiş kontrol grubu olan çalışma
  • IIb - En bir iyi dizayn edilmiş deneysel çalışma
  • III - Vakalar, karşılaştırmaları ve korelasyon bulguları
  • IV - Uzman paneli görüşleri

Öneri sınıflaması sistemi

  • Sınıf I öneri - Yarar >>> Zarar. Yararın büyüklüğü konusunda çalışmalar ve meslektaşlar hemfikir.
  • Sınıf II öneri - Kanıtlar ve uzman görüşleri arasında çelişkiler var.
    • Sınıf IIa öneri - Yarar > Risk. Daha büyük, ek çalışmalara gereksinim bulunmakta.
    • Sınıf IIb öner - Yarar ≥ Risk. Belki önerilebilir. Daha büyük, ek çalışmalara gereksinim bulunmakta.
  • Sınıf III öneri: Yararı yok
    • Yararı yok
    • Ek masraf
    • Hastaya zararlı

Number Need to Treat (NNT)

NNT bu ve bunun gibi soruları yanıtlamada kullanılabilecek en basit istatistiksel test olarak karşımıza çıkmaktadır. Belirli süre sonunda istenilen bir sonuca varılmak isteniyor. A. Tedavi grubu, B: Kontrol grubu. A’da sonuca ulaşma oranı - B’de sonuca ulaşma oranı mutlak risk azalma olarak tanımlanıyor. NNT 1/(mutlak risk azalması) olarak tanımlanmaktarır.  


  Age 40–49   Age 50–69   Age 70–74

Kanada çalışmasının sonucu rehberleri değiştirmeli mi?

Bence Kanada çalışması rehberleri tekrar konuşmamız gerektiğinin bir göstergesidir. Bu kadar büyük sayıda, gelişmiş bir ülkede yapılmış olan bir çalışmaya yanlış deniliyorsa, gerçek ve doğru mamografi yapmanın, pratiklikten uzak derecede aşırı zor olduğu anlamı ortaya çıkabilir. Gelişmiş bir ülke doğru düzgün mamografi yapamadıysa biz gelişmekte olan ülkeler bu taramayı ülke genelinde, geniş çapta nasıl gerçekleştireceğiz. Biz şu anda ne yapmaktayız? Mamografi elit bir tarama mıdır? sorularını akla getiriyor.

Merak konusu olan onlarca soruya yanıt bekleniyor.

Bu soruları yanıtlayacak prospektif randomize çalışma sayısı maalesef oldukça az.

Mamografi meme kanserinden ölümleri azaltıyor mu?

Mamografi genel anlamda yaşam süresini uzatıyor mu?

Gelişen kemoterapi ve cerrahi teknikleri erken tanının önemini azalttı mı?

Elimizde erken tanı için başka seçenekler var mı?

Taramada görülen yalancı pozitiflikler hastaların yaşam süresini kısaltır mı?

Sadece yaş kriterini kullanarak mamografi taramasında yer alacak hastaları belirlemek doğru mu?

Bir ülke gibi büyük ve heterojen bir yapının tamamına mamografi önermek pratik olarak yararlı mıdır, yoksa mamografi sadece küçük butik merkezlerde yararlı olan bir tanısal yöntem midir?

Farklı görüşler



Mamografi olumlu diyenler:

Tarama yapmamak sonucu yaşanan gecikmiş tanılar,  meme kanserinden daha fazla ölüm ve sakatlık yaşanmasına yol açar hipotezini savunuyorlar.

Mamografi olumsuz diyenler:

Erken tanıdan kazanılan yaşam süreleri ile taramada saptanan yanlış pozitiflikler ve hiç bir zaman ilerlemeyecek olan gerçek pozitiflerin tedavisi sonucu yaşanan kayıpların tümünün karşılaştırılması gerektiğini savunurlar.

Daha fazla çalışma gerekli diyenler:

Tarama konusunda herkesin hemfikir olmadığı konusunda hemfikiriz. Farklı fikirler varsa bunun çözümü daha fazla çalışma yapmaktan veya mevcut çalışmaları sağlıklı ortamlarda değerlendirmeden geçer.

Mamografide seçici olmalıyız diyenler:

Taramaları kişiselleştirmeliyiz diyenler, herkese aynı şekilde tarama yapmanın verimli olmadığını düşünüyorlar.

Tarama kapsamına alınacak kişiler için sorulacak sorular şunlardır.

Kimi taramalıyız?
Ne zaman, ne sıklıkta taramalıyız?
Nasıl taramalıyız?
Taramadan ne beklemeliyiz?
Taramadan neleri beklememeliyiz?

Kişiselleştirmede kullanacağımız parametreler ne olmalıdır?

Yaş
Geçmiş muayene ve inceleme bulguları
Genetik miras ve aile öyküsü

Doğru zamanda, doğru kişi için doğru test.

Kişiselleştirmede hastayı değerlendiren hekim üzerinde daha fazla bir baskı oluşmaktadır. Toplumun tamamı gibi bir grup ele alındığında alt gruplamanın yararlılığını randomize şekilde sınamak daha zor olacaktır.

Guideline'lar kişiselleştirilmiş taramaya engel mi oluyor? Guideline'lar kişiselleştirilmiş taramaya engel değil. Ancak kişiselleştirilmiş bir tarama programı hastayı tanıma, karşılıklı diyalog gerektirir. Büyük halk kitleleri taramadan geçirilirken kişiselleştirilmiş tarama pratik bir yol değildir.

Kanada çalışmasında dikkate alınmayan faktörlerden biri meme dansitesidir. Wolfe tarafından önerilen, dansitesine göre sınıflama Miller çalışması başladığında bilinmiyordu. Wolfe dansite sınıflamasına göre prospektif bir çalışma henüz mevcut değildir.


Argüman:

Mamografi hastaya fazladan radyasyon veriyor.

Bugüne kadar yapılan çalışmalarda mamografinin meme kanserine yol açtığında dair bir çalışma yayınlanmadı. Yöntem oldukça eskidir, kamuoyu bu konuda dikkatlidir, kuvvetli bir ilişki varlığında saptanamaması veya gizlenmesi oldukça zordur.

Mamografinin yalancı negatifliği yüksek, saptama oranı düşük. .

Mamografinin yalancı negatifliği memenin dansitesi ile doğru orantılıdır. Yoğun memelerde mamorafide meme kanseri görülmeme olasılığı artmaktadır.

Taramada saptanan kanserlerin bir kısmı hiçbir zaman öldürücü boyuta ulaşmıyor.

Taramada yaşanan yalancı pozitifler hastanın yaşamını olumsuz etkiliyor.

ABD'de her sene benign (kanser değil) olarak raporlanan biyopsi sayısı 1.000.000 vaka olarak bildiriliyor. 

Tedaviler o kadar gelişti ki ileri evrede saptanan kanser hastaları da tedavi edilebiliyor.

80 li yıllarda yapılan çalışmalar mamografi cihazlarının eskiliği nedeniyle geçersizdir.

Büyük topluluklarda yapılan taramalarda kaliteyi aynı seviyede tutmak mümkün değildir.

Her hasta için tarama programı hekim ve hasta arasında yapılan, artılar ve eksiler konuşulduktan sonra belirlenmelidir.

Guideline'ları değiştirmek için henüz erken mi?.

Kendi kendine meme muayenesi veya hekim muayenesi ile saptanan kitleler her zaman geç tanı mıdır?

Ailede meme kanseri yoksa meme kanseri çıkar mı?

Meme kanseri vakalarının %20'si ailevi, %80'ı kendiliğinden ortaya çıkmaktadır. Ailede olmaması farkında olunmamasını gerektirmez.

Kontroller senede bir mi, iki senede bir mi yapılmalıdır?

Bununla ilgili çok bilimsel done olmamasına karşın uygulamaya baktığımızda Avrupada 2 senede bir tarama yaygın bir uygulama iken, ABD'de yaygın uygulama senelik tarama şeklindedir.

Başlama yaşı 40 mı, 50 mi olmalı?

Bitirme yaşı 70 mi, 75 mi olmalı?

Yüksek risk grubunda tarama önerileri nasıl farklılaşmalı?


 

2015-02-06

Meme kanseri ile ilgili bildiğim bazı onkogenler

  1. AR
  2. ATM
  3. BARD1
  4. BRCA 1
  5. BRCA 2
  6. BRIP1
  7. CDH1
  8. CHEK2
  9. DIRAS3
  10. ERBB2
  11. IL1RN
  12. NBN
  13. PALB2
  14. PAPP–A
  15. PIK3CA 
  16. PPM1D 
  17. PHB
  18. RB1CC1
  19. RAD50
  20. RAD51
  21. RAD54L
  22. SH2D1A
  23. STK11
  24. SLC22A18
  25. TP53
  26. TSG101 
  27. XRCC3
Meme kanseri ile ilgili bildiğim bazı genler